Monografie:
1. Ricerche su Francesco Sansovino imprenditore librario e letterato, Venezia, Istituto Veneto di Scienze, Lettere ed Arti, 1994.
2. I conflitti della Controriforma. Santità e obbedienza nell'esperienza religiosa dei primi barnabiti, Firenze, Le Lettere (collana della Facoltà di Lettere dell'Università di Torino), 1998.
3. La Controriforma, Roma-Bari, Gius. Laterza & figli, ("Biblioteca Essenziale"), 2001.
4. Giudicare i vescovi. La definizione dei poteri nella Chiesa postridentina, Roma-Bari, Gius. Laterza & figli, 2007
5. Roma 1564. La congiura contro il papa, Roma-Bari, Gius. Laterza & figli, 2011
Saggi e articoli:
1. Antonio Maria Zaccaria e l'esperienza religiosa dei primi barnabiti nella Milano degli anni trenta: le comunità paoline e la città, "Barnabiti Studi", XIV (1997), pp. 149-170.
2. "Flânerie idéologique" dans la Venise du XVIe siècle: Francesco Sansovino et son guide (1581), in Les guides imprimés du XVIe au XXe siècle. Villes, paysages, voyages, textes réunis par G. Chabaud, É. Cohen, N. Coquery, J. Penez, (Actes du colloque Paris, Université Paris 7 - Denis Diderot, 3, 4, 5 décembre 1998), Paris, Belin, 2000, pp.297-306.
3. Nei labirinti della censura libraria cinquecentesca: Antonio Pagani (1526-1589) e le "Rime spirituali" , in Per Marino Berengo. Studi degli allievi, a cura di L. Antonielli, C. Capra, M. Infelise, Milano, F. Angeli, 2000, pp. 114-136.
4. Origini e trasformazioni dell’ordine dei Barnabiti nel Cinquecento, “Arte Lombarda” CXXXIV (2002), n. 1, pp. 9-11, numero monografico dedicato a: “Lorenzo Binago e la cultura architettonica dei Barnabiti”, Atti del Convegno Internazionale di Studi “Lorenzo Binago e la cultura architettonica dei Barnabiti”, Milano, 10-11 settembre 2001.
5. Inquisition romaine et évêques français pendant le concile de Trente, in Inquisition & Pouvoir (Colloque International Inquisition & Pouvoir, Aix-en-Provence, 24-26 octobre 2002), Aix-en-Provence, 2004, pp. 325-335.
6. I barnabiti tra storia dell’ordine e storia della Chiesa, Convegno internazionale “Nunc alia tempora, alii mores”. Storici e storia in età postridentina, Torino, Fondazione Luigi Firpo, 2005, pp. 109-138.
7. I “beati del papa”: note su politica e religione in età postridentina, “Rivista di Storia del Cristianesimo”, I, 2004, pp. 405-414.
8. Voce Censura in Nuova Storia Universale. Dizionario di Storia, a cura di G. Bordino, D.Carpanetto, G.Martignetti, vol. I, Torino, Garzanti, 2004, pp. 518-523.
9. Voce Controriforma, in Nuova Storia Universale. Dizionario di Storia, a cura di G. Bordino, D.Carpanetto, G.Martignetti, vol. I, Torino, Garzanti, 2004, pp. 658-666
10. Voce Riforma protestante, in Nuova Storia Universale. Dizionario di Storia, a cura di G. Bordino, D.Carpanetto, G.Martignetti, vol. IV, Torino, Garzanti, 2005, pp. 228-235
11. La Riforma protestante, in La Storia, vol. 7: Il Cinquecento: la nascita del mondo moderno, Torino, Utet, 2004 ("La Biblioteca di Repubblica"), pp. 168-220.
12. Inquisizione e papato tra Pio IV e Pio V, in Pio V nella società e nella politica del suo tempo, a cura di Maurilio Guasco e Angelo Torre, Bologna, il Mulino, 2005, pp. 33-67 .
13. The Heresy of a Venetian Prelate: Filippo Mocenigo, Archbishop of Nicosia (1524-1586), in Heresy, Culture, and Religion in Early Modern Italy. Contexts and Contestations, eds. Ronald K. Delph, Michelle M. Fontaine, & John Jeffries Martin, («Sixteenth Century Essays & Studies»), Kirksville, Truman State University Press, 2006, pp. 211-229
14. L’archivio dell'Inquisizione e gli studi storici: primi bilanci e prospettive a dieci anni dall’apertura, «Rivista Storica Italiana», CXX, fasc. III, 2008, pp. 968-1002
15. Morone e Pio IV, in Il cardinale Giovanni Morone e l’ultima fase del concilio di Trento, a cura di M. Firpo e O. Niccoli, Bologna, il Mulino, 2010, pp. 21-52
16. Voce Paolo Melso per il Dizionario Biografico degli Italiani, vol. 73
17. Voce Gabriele Fiamma per il Dizionario storico dell’inquisizione, diretto da A. Prosperi, Pisa , Edizioni della Normale, 2010 vol. II, pp. 590-591
18. Voce Filippo Mocenigo per il Dizionario storico dell’inquisizione, diretto da A. Prosperi, Pisa , Edizioni della Normale, 2010, vol. II, p. 1053.
19. Voce Filippo Mocenigo per il Dizionario Biografico degli Italiani, vol. 75, pp. 131- 137
20. «Ubique in omnibus circumspecti». Diplomazia pontificia e intransigenza religiosa, in Sulla diplomazia in età moderna. Politica, economia, religione, a cura di R. Sabbatini e P. Volpini, Milano, F. Angeli, 2011, pp. 61-76
21. Forme dell’opposizione a Pio IV alla corte papale in J. Mártinez Millán, M. Rivero Rodríguez, G. Versteegen (Coords.), La corte en Europa: política y religión (Siglos XVI-XVIII), 3 vols., Madrid, Editorial Polifemo, 2012: vol. II, pp. 771-792
Recensioni:
1. Recensione di: Innocenzo Chiesa, Vita di Carlo Bascapè barnabita e vescovo di Novara, a cura di Sergio Pagano, Firenze, Leo S.Olschki, 1993, in "Rivista Storica Italiana", CVII (1995), fasc.I, pp. 207-210.
2. Recensione di: Frederick J. Mcginnes, Right thinking and sacred oratory in Counter-Reformation Rome, Princeton, New Jersey, Princeton University Press, 1995, in "Rivista Storica Italiana", CIX (1997), pp. 1144-1152.
3. Recensione di: Adriano Prosperi, Tribunali della coscienza. Inquisitori, confessori, missionari, Torino, Einaudi, 1996, in "Rivista di Storia e Letteratura religiosa", XXXIV (1998), pp. 419-426.
4. Recensione di: Giovanni Romeo, Esorcisti, confessori e sessualità femminile nell’Italia della Controriforma, Firenze, Le Lettere, 1998, "Rivista di Storia e Letteratura religiosa", XXXVI (2001), pp. 168-171.
5. Recensione di: Pietro Martire Vermigli (1499-1562). Umanista, riformatore, pastore, Atti del convegno per il V centenario (Padova, 28-29 ottobre 1999), a cura di Achille Olivieri, in collaborazione con Pietro Bolognesi, Roma, Herder, 2003, «Studi Veneziani», XLIX (2005), pp. 413-416
Traduzioni:
Traduzione del volume di R. Po-chia Hsia, The world of Catholic renewal 1540-1770, (Cambrige, Cambridge Univ. Press, 1998) Bologna, il Mulino, 2001.